Pada tahun 1966, SMP Kristen Petra Pagi dan SMP Kristen Petra Siang yang berlokasi di Jalan Kalianyar Wetan dan di Jalan Embong Wungu, digabung menjadi satu sekolah, yaitu SMP Kristen Petra 1 Siang (masuk sekolah siang hari) dan SMP Kristen Petra 2 Pagi (masuk sekolah pagi hari) yang berkedudukan di Jalan Embong Wungu No. 2, Surabaya.